Во время Великой отечественной войны становится старшим научным сотрудником и с 1943 по 1949 годы проектирует радиолокационные системы ориентации в Институте автоматики при ВСНИТО. Здесь же Бабакин повышается до зав. лабораторией и в итоге становится главным конструктором.

В 1949 году инженера приглашают в НИИ-88 для разработок ракет «земля-воздух» и систем наведения. А через три года Бабакина переводят в бюро Лавочкина в проект зенитно-ракетного комплекса В-300.

Когда руководитель бюро умирает, Бабакин назначается заместителем главного конструктора, а спустя пять лет и главным конструктором ОКБ. В его задачу входило создание и усовершенствование автоматических беспилотных станций для исследования Луны и Венеры.

Под руководством инженера бюро создало такие аппараты, как «Луна-7», «Луна-8», знаменитые «Луноход-1» и «Луна-20», которые управлялись с Земли и смогли доставить образцы лунного грунта. Зонд «Венера-4» был первым в атмосфере одноимённой планеты и вёл репортаж в течение 1,5 часов.

За свои достижения в области космических разработок Бабакин награждён Ленинской премией, медалью Национального Центра космических исследований Франции и другими наградами. Также именем конструктора названы кратеры на Луне и Марсе.

Георгий Николаевич скончался 3 августа 1971 года в Москве.

В настоящее время отдел исследований им. Бабакина продолжает принимать активное участие в создании космических кораблей.