Однако в 1616 году комиссия авторитетных итальянских богословов объявила учение Коперника еретическим, а его книга «Об обращении небесных сфер» была внесена в индекс запрещенных книг.

В 1632 году Галилей издал свою книгу «Диалог о двух главнейших системах мира — птолемеевой и коперниковой». Вскоре итальянские инквизиторы, посчитав книгу еретической, запретили ее продажу, а Галилея вызвали в Рим, где предали суду.

Следствие тянулось с апреля по июнь 1633 года. 22 июня в доминиканском монастыре святой Минервы, в той же церкви, где его предшественник Джордано Бруно выслушал смертный приговор, Галилей, стоя на коленях, отрекся от своего учения.

В последние годы жизни ему пришлось работать в тяжелейших условиях. На своей вилле Арчертри во Флоренции он находился под домашним арестом и постоянным надзором инквизиции.

В ноябре 1979 года папа римский Иоанн Павел II официально признал, что инквизиция в 1633 году совершила ошибку, силой вынудив отречься ученого от теории Коперника.