Естествоиспытатели, присутствовавшие на кораблях, собрали ценные ботанические, зоологические и этнографические коллекции. Были произведены наблюдения над морскими течениями, температурой и плотностью воды на глубинах до 400 метров, приливами, отливами и колебаниями барометра, систематические астрономические наблюдения для определения долгот и широт, установлены координаты целого ряда посещённых экспедицией пунктов, в том числе всех гаваней и островов, где имелись стоянки.

Бесценные труды экспедиции по гидро- и океанографии, этнические наблюдения были подготовлены к публикации Крузенштерном и вызвали научный интерес во всем мире. Материалы экспедиции переводились практически на все европейские языки и пополнили собрания лучших научных библиотек Европы. В память о капитане Крузенштерне его именем был назван российский парусник.